大规模的蛋白质组分析已经揭示了蛋白质组对疾病的反应变化,如果蛋白质组分析能被带入临床实验室,这些变化为复杂疾病的诊断和治疗带来了巨大的希望。成功和可靠的大规模蛋白质组学要求样品制备工作流程是可重复的,可靠的和几乎没有变化。为了将蛋白质组学引入临床实验室,样品准备和分析的标准化程序和工作流程需要在对临床有用的时间尺度上产生有效的、可操作的结果。
临床蛋白质组学分析最常见的两种类型的样品是体液和组织活检。为了处理这些类型的样品中,有两个初始步骤:组织增溶,随后通过蛋白水解消化。固体组织的溶解是最劳动密集和产生最可变的结果。
使用Barocycler仪器引入压力循环技术(PCT)的大大改善了组织增溶和消化的一致性。基于PCT-样品制备协议一般利用尿素作为蛋白质变性和增溶裂解缓冲液。尿素具有若干缺点,包括抑制胰蛋白酶活性,并引入等氨甲酰不需要的修饰。
卢卡斯和他的同事们分析用SDC代替尿素是否能产生类似的组织消化谱,并改进PCT方法。
与尿素相比,SDC允许使用更高的温度,因此第一步(裂解、还原和烷基化)在56℃进行。优化了Barocycler中的第二消化步骤,淘汰了第三消化步骤。为了进一步缩短消化时间,它们利用了快速胰蛋白酶/酶Lys-C。快速胰蛋白酶/酶Lys-C保持健壮的活性在70℃,并在单个步骤中进行允许Barocycler消化,在30个循环(约30分钟),而不是105分钟完成消化,简化的协议。
该数据提出了一种改进的传统组织PCT方法,在Barocycler中使用SDC、n -丙醇取代尿素和蛋白水解酶,以及具有更高最佳温度的改良商业可用酶。
论文引用
卢卡斯,N。等人。(2019)加速Barocycler裂解和提取样品制备通过质谱临床蛋白质组学。蛋白质组的J18, 399 - 405。