自下而上蛋白质组学的压力循环样品制备优化

大规模的蛋白质组分析已经揭示了蛋白质组对疾病的反应变化,如果蛋白质组分析能被带入临床实验室,这些变化为复杂疾病的诊断和治疗带来了巨大的希望。成功和可靠的大规模蛋白质组学要求样品制备工作流程是可重复的,可靠的和几乎没有变化。为了将蛋白质组学引入临床实验室,样品准备和分析的标准化程序和工作流程需要在对临床有用的时间尺度上产生有效的、可操作的结果。

临床蛋白质组学分析的两种最常见的样本类型是体液和组织活检。处理这类样品,首先有两个步骤:组织溶解,然后是蛋白水解消化。固体组织的溶解是最费力的工作,产生的结果也最多变。

使用Barocycler仪器的压力循环技术(PCT)的引入极大地改善了组织溶解和消化的一致性。基于pc的样品制备方案通常利用尿素作为蛋白质变性和增溶的裂解缓冲液。尿素有几个缺点,包括抑制胰蛋白酶活性和引入不必要的修饰,如氨基甲酰化。

卢卡斯和他的同事们分析用SDC代替尿素是否能产生类似的组织消化谱,并改进PCT方法。

与尿素相比,SDC允许使用更高的温度,因此第一步(裂解、还原和烷基化)在56℃进行。优化了Barocycler中的第二消化步骤,淘汰了第三消化步骤。为了进一步缩短消化时间,它们利用了快速胰蛋白酶/ Lys-C。快速胰酶/Lys-C在70℃下保持强劲的活性,允许单步进行Barocycler消化,完成消化30个周期(约30分钟)而不是105分钟,简化了方案。

该数据提出了一种改进的传统组织PCT方法,在Barocycler中使用SDC、n -丙醇取代尿素和蛋白水解酶,以及具有更高最佳温度的改良商业可用酶。

论文引用

卢卡斯等人(2019)用于临床蛋白质组学的加速Barocycler裂解和提取样品的质谱制备蛋白质组的J18, 399 - 405。

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加里水

战略营销经理Promega公司
1982年,加里在威斯康辛大学麦迪逊分校获得细菌学学士学位。1982-1986年,他在威斯康星大学麦迪逊分校担任研究技术人员。从1986年到现在,加里一直在Promega公司服务在许多能力,包括作为Promega Notes的第一个编辑。他也是技术服务和培训经理,产品经理限制/修改酶,产品经理蛋白质分析,现在是市场经理蛋白质分析。bob体育电竞app

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