XpressAmp™直接放大:简化和加速时间定量PCR结果

由于SARS-COV-2大流行将继续在美国和世界各地的愤怒,因为COVID-19测试的需求不断增加。绝大多数COVID-19测定的使用RT-qPCR的检测患者样品中的病毒RNA如鼻咽拭子,其被收集并存储在病毒或通用传输媒体(VTM / UTM)。这些COVID-19测定的一般工作流程可以被分解如下:

  1. 收集并存储患者样本
  2. 运送样品到测试实验室
  3. 从样本中提取RNA
  4. 放大和分析样品

虽然谁制造了在这些步骤中使用的产品的许多公司已经能够适应和显著提高其生产能力,还有这些产品的供应和全球需求测试之间的差距。两个样品收集和存储步骤和RNA提取/纯化步骤有瓶颈的倾向和经验供应的限制。为解决这些瓶颈,扩大产能,这些有需求的产品的一种方法是评估跳过工作流程中的一个步骤的可行性,不妨碍从样品中检测到病毒RNA的能力。

虽然我们制造和在这里Promega公司供应RNA提取的产品,我们认识到RNA提取作为当前COVID-19测试工作流程中的特别的限速步骤。凭借我们40多年的样品制备和样品扩增的经验,尤其是我们的具有挑战性的样品如法医犯罪现场证据的工作,我们寻求一个解决办法,让存储在VTM / UTM鼻咽拭子的分析,而不先进行RNA提取。其结果是一个直接PCR扩增方法,该方法简化和加速时间的qPCR结果。

顾名思义,直接PCR是使得没有事先的RNA或DNA的提取和纯化步骤的样品的直接PCR扩增的方法。通过除去那些更耗时的步骤,可以更快速地完成上游工艺,使您到下游处理更快移动。

在直接扩增挑战

直接PCR扩增,有它自己的挑战。正如任何PCR测定中,抑制PCR始终是一个考虑因素。PCR抑制剂-从样品和溶胞缓冲液都用于裂解并释放R​​NA-必须在qPCR中歪斜量化的潜力。在典型的PCR的工作流程,该溶液到PCR抑制是净化或稀释RNA提取物,这导致RNA的损失。由于直接放大跳过纯化步骤,它是有帮助的基础的理解分子抑制机制为了帮助克服任何分析的限制,你可以在PCR抑制剂的存在体验。

在直接PCR扩增,以克服第二主要挑战是检测的灵敏度。在分析之前,RNA提取可以作为浓缩工序,通常与VTM的Xμl开始并且在所得Yμl-在样品浓度进入所述RT-qPCR测定的Z倍的增加洗脱。在直接放大,没有样品浓度。事实上,你通常会在裂解步骤以释放RNA稀释样品。为了克服这个问题,您许多需要重新优化您的PCR检测,因为被优化以放大提取RNA组成的PCR检测方法可能不适合一个直接从样品扩增得到优化。

直接放大的好处

尽管它的挑战,也有直接PCR扩增许多好处。在典型的PCR工作流程中,提取和纯化的洗涤步骤利用许多缓冲剂和优化试剂。在直接放大的工作流程,您就可以规避这些昂贵的限速步骤,让您避免试剂供应约束潜在吞吐量的限制,使您以削减成本并节省宝贵的样品材料。

利用直接PCR工作流程还可以帮助您节省时间在实验室中,虽然节省时间的量将取决于如果你以前的RNA提取方法自动或手动改变。直接放大的工作流程也是自动化友好,要求在specially-设计的塑料耗材不存在依赖关系。

我们的解决方案:XpressAmp™直接扩增试剂

所述XpressAmp™直接扩增试剂提供了一种快速,无RNA提取的方法来进行基于PCR的扩增制备的病毒样品。收集由鼻咽拭子样品中通用或病毒运输介质,并使用RT-qPCR的执行直接扩增分析。简单的样品制备方法只需要10分钟,室温下温育,很容易自动化的高通量的需求。

病毒RNA的检测,而不需要RNA提取

病毒运送介质(VTM)用鼻咽拭子接种和呼吸道合胞病毒和乙型流感(香港)病毒的Helix精英™灭活标准,灭活流感A / B和呼吸道合胞病毒重组飙升。这种高级病毒样品(1×103拷贝/微升)稀释1:10和1:100中VTM创建中,低级别的病毒样品。平行地,两个用户创建从使用XpressAmp™直接扩增试剂,自加标样品VTM样品裂解物。两个用户然后检测RSV A和B型流感的通过RT-qPCR使用补充有XpressAmp™解决方案GoTaq®1步探针的qPCR系统(Cat。#A6121)的存在。N = 6个扩增重复。

操作简单,自动化友好协议

定制

作为一个自定义的产品,XpressAmp™直接扩增试剂可以通过多种方式来满足您的具体需要进行调整。许多自定义选项提供给你,从购买试剂散装的,不断变化的分配大小,或重新格式化和重新标记。

了解更多关于XpressAmp™直接扩增试剂,定制并且能够根据需要自定义

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娜塔莉是Promega的科学作家。她赢得了她的学士学位在微生物学从威斯康辛大学麦迪逊从Cottey学院大学,并在她的科学副学士学位。在闲暇时间,她可以发现打排球,做音乐,在她的永无止境的工艺项目的堆栈,志愿与动物小打小闹。

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